iQOONeo6SE搭载了强劲的骁龙870处理器，并配置了叠瀑液冷散热系统，散热总面积达36907mm2。这个散热系统确保了骁龙870处理器的性能得到充分释放，从而在安兔兔跑分中取得了惊人的74万+分数，带来了卓越的性能表现。这项设计不仅保障了手机在长时间使用过程中不会出现过热问题，还提升了手机的稳定性能和使用寿命。
iQOONeo6SE采用了6.62英寸三星E4 AMOLED流光屏，其100% P3 色域覆盖和局部峰值亮度达到1300nit，通过SGS低蓝光认证。支持120Hz的刷新率以及480Hz的触控采样率，更是引入了1200Hz的瞬时触控采样率。这一特性不仅适用于日常使用，更在诸如《王者荣耀》、《和平精英》、《穿越火线手游》、《使命召唤手游》、《原神》等对游戏性能有高要求的手游中表现出色，极大地满足了对游戏流畅度的追求。
在游戏方面，iQOONeo6SE还加入了内置的4D游戏振感3.0，搭载出色的X轴线性马达，将游戏体验提升至新的高度。在已适配的游戏中，如《王者荣耀》和《和平精英》，系统能够智能识别场景，并通过线性马达和软件算法传递枪支射击等操作的真实振感，为玩家带来更加身临其境的感觉。
手机的后置摄像头系统包括了6400万像素的主摄、800万像素的116°超广角摄像头以及200万像素的微距摄像头，支持光学防抖技术。这不仅保证了拍摄速度的快捷，更在细节呈现和色彩还原方面表现出色，满足了用户多样化的拍摄需求。
对于续航方面，iQOONeo6SE内置了4700mAh电池，可连续观看高达19小时的视频，即使在大型手游的使用下也能坚持6小时。这一卓越的续航能力为需要长时间使用手机的用户提供了理想的选择。同时，支持80W有线闪充技术，仅需35分钟即可将4700mAh电池充至100%电量，为手机的快速充电提供了有力保障。